در کمیسیون مرجع ، رسیدگی به اعتراض به صورت بدوی صورت می گیرد . مطابق با ماده 58 قانون و بر اساس ماده 170 آئین نامه اجرایی این قانون ، کمیسیون ثبت علامت و برند تجاری متشکل از افراد ذکر شده در زیر می باشد :
1- رئیس ادارات : ثبت اختراعات – ثبت طرح های صنعتی – ثبت علائم تجاری ، که با توجه به موضوع مورد بحث کمیسیون و به تناسب موضوع کمیسیون اینها انتخاب می شوند .
2- نماینده تعیین شده توسط مدیر کل اداره کل مالکیت صنعتی
3- حضور یک کارشناس و یا متخصص که در صورت نیاز حتی این امکان وجود دارد که کارشناس مورد نظر به صورت برون سازمانی انتخاب شود .
لازم به ذکر است که ریاست کمیسیون ثبت علامت و برند تجاری ، به عهده نماینده تعیین شده از سوی مدیر کل اداره کل مالکیت صنعتی می باشد .
همچنین کمیسیون ثبت علامت و برند تجاری نیز ، دارای یک عضو به صورت علی البدل می باشد که توسط مدیر کل و از بین کارشناسان و متخصصان ، تعیین می شود .
در کمیسیون مورد نظر ، تصمیم گیری با رای اکثریت صورت می گیرد و برای مرجع ثبت مورد نظر به صورت قطعی و لازم الاتباع می باشد ، اما تصمیمی که کمیسیون برای طرفین اختلاف می گیرد ، در دادگاهی که صلاحیت داشته باشد ، قابل اعتراض و رسیدگیی می باشد .
کارشناس مربوطه که عهده دار رسیدگی به پرونده می باشد ، نمی تواند برای بررسی کردن همان موضوع در کمیسیون شرکت کند .
روش رسیدگی کردن در کمیسیون نیز به این صورت است که تاریخ تشکیل جلسه ، ساعت آن و محل تشکیل آن ، مطابق با دستور رئیس کمیسیون و با توجه به موضوع آن ، به متقاضی ثبت و یا اشخاص طرفین اختلاف و یا نماینده های قانونی آنها ، ابلاغ می گردد .
لازم به ذکر است که بین زمان تشکیل جلسه و تاریخ ابلاغ وقت رسیدگی ، باید به مدت 10 روز فاصله باشد . افراد ذکر شده نیز می توانند در جلسه مورد نظر حضور پیدا کنند ، اما در صورت عدم حضور آنها نیز ، کار رسیدگی طبق روال خودش انجام می گردد .
چنانچه طرفین و یا یکی از آنها ، تابعه و یا مقیم ایران نباشند و همچنین دارای نماینده قانونی در ایران نیز نباشند ، در این صورت حداقل مدت زمانی که بین تاریخ ابلاغ و تاریخ تشکیل کمیسیون جلسه ، می تواند فاصله بیفتد ، به طور جداگانه مشخص نگردیده است ، اما مطابق با تبصره 3 ماده 125 آئین نامه اجرایی مربوطه ، مهلت ذکر شده به 20 روز افزایش می یابد .
پس از انجام رسیدگی ها ، کمیسیون مورد نظر با توجه به ( محتویات موجود در پرونده و همچنین مدارک – مستندات و اظهارات طرفین و در صورتی که آنها در جلسه مربوط به رسیدگی حضور پیدا کنند و یا با در نظر گرفتن لوایح آنها ) ، تصمیمش را به صورت مستند اعلام می کند .
در نتیجه تصمیم اعلام شده توسط کمیسیون و از جانب مرجع ثبت به شخص متقاضی و یا به طرفین اختلاف ، ابلاغ داده می شود و طی مدت 60 روز از تاریخ آن ابلاغیه ، تصمیم گرفته شده قابل اعتراض در یک دادگاه صلاحیت دار مربوط به قوه قضائیه می باشد .